Kircher, pisząc o wszystkim, co tylko może istnieć pod słońcem, nie zaniedbał także i siebie.
Istnieją anegdotyczne zapiski dotyczące okresu jego życia aż do 1666r., w których w sposób bardzo przejrzysty opisuje swoje wspomnienia i zainteresowania z czasów młodości.

Życie rozpoczął o godz. 02:45 nad ranem 2 maja 1602r. - w dniu św. Athanasiusa - w Geisa niedaleko miasta Fulda (wschodnie Niemcy). Jego ojciec Johann był człowiekiem o wszechstronnej wiedzy. Posiadał wielką bibliotekę, którą stracił podczas wojny trzydziestoletniej. Jako doktor teologii nauczał mnichów z zakonu Benedyktynów niedaleko Heiligenstadt.

Athanasius był jego ostatnim z dziewięciorga dzieci i dość wcześnie, jako chłopiec, został posłany do rabina na lekcje hebrajskiego. Dodatkowo posłano go na regularne zajęcia w lokalnej szkole jezuickiej w Fuldzie.
Dzieciństwo Athanasiusa było pełne przygód, które z upodobaniem przedstawia w swoich opowiadaniach.

Athanasius Kircher w 1664r. w wieku sześćdziesięciu dwóch lat. Malarz i poeta powiedział: Jego twarz i imię są znane na całej kuli ziemskiej

Pod koniec czwartego roku życia uniknął przedwczesnej śmierci. Pewnego razu, gdy pływał w stawie, przy którym znajdował się młyn wodny, nagle został pochwycony przez prąd i zaczął płynąć w kierunku koła młyńskiego. Jego koledzy spodziewali się zobaczyć go poszarpanym przez maszynerię, jednak przepłynął obok i nic złego mu się nie stało prócz tego, że przeżył szok.
Nieco później, podczas wyścigów konnych, nacisk tłumu pchnął go pod kopyta nadbiegających koni. Widzowie oczekiwali najgorszego, ale on kucnął i znieruchomiał dzięki czemu wyszedł z tego nietknięty.
Duch przygody musiał być w nim silny gdyż pewnego razu wyruszył w dwudniową podróż, aby zobaczyć sąsiednie miasto. Podczas drogi powrotnej zgubił się w lesie i w strachu przed rabusiami, dzikami i niedźwiedziami spędził całą noc na drzewie.
Kiedy miał piętnaście lat, podczas jazdy na łyżwach, przemroził się i nabawił przepukliny. Pomimo opieki i leczenia odmrożenie nie ustępowało przez kilka miesięcy, skórę zaatakowała gangrena, więc stracił nadzieję na uratowanie życia. Jednakże modlił się gorliwie do Błogosławionej Dziewicy i w następnym miesiącu był już zdrów. Kircher, opisując ten wypadek, powiedział, że jego nagłe wybawienie od śmierci było małym cudem i że już w młodości czuł się wybrańcem Boga, namaszczonym specjalnym przeznaczeniem.

Po tym, jak próby związane z kształceniem się w Jezuickim Kollegium w Mainz zakończyły się niepowodzeniem został przyjęty jako nowicjusz w Kollegium w Paderborn w 1618r. Nauczyciele uważali go za raczej tępego młodziana, ponieważ przyjmował postawę nadmiernej pokory, co nie pozwalało zauważyć poziomu jego inteligencji, który był o wiele wyższy niż u jego towarzyszy.
W ciągu 1620r. jego nowicjat stał się kompletny, odbył pierwsze ślubowania i rozpoczął studia filozofii scholastycznej. Wkrótce po tym jego edukacja została przerwana przez wojnę trzydziestoletnią.
Pod koniec 1621r. Paderborn najeżdżał diuk Christian z Brunswick, który był zawziętym przeciwnikiem jezuitów. W styczniu 1622r. Kircher z dwoma towarzyszami, nie mogąc dłużej patrzeć na to, co się dzieje, uciekli z miasta. W tym czasie wielu jezuitów, podczas ucieczki, zostało złapanych i zamkniętych.
Los uciekinierów był ciężki: przez trzy dni walczyli z głębokim śniegiem, osłabieniem i brakiem pieniędzy żebrząc o jedzenie, aż pewien życzliwy, szlacheckiego rodu katolik dał im schronienie i wsparcie. Po tygodniu w Jezuickim Kollegium w Munster poradzono im, aby kontynuowali podróż do Kolonii. Przeszli obok Dü sseldorfu i zawitali do mroźnego Rhine, po czym kontynuowali swoją podróż po lodzie. Okoliczni mieszkańcy ubezpieczali ich, lecz w połowie drogi część lodu załamała się i Kircher wpadł do wody. Jego towarzysze stracili go z oczu, tak jak ongiś dzieci z którymi się bawił, i byli pewni że już nie zobaczą go żywego. Lecz jego witalność zwyciężyła: dopłynął przez lodowatą wodę do brzegu i szedł przez trzy godziny, aż dotarł do Kollegium Jezuickiego w Neuss. W trzy dni potem był gotów, by iść do Kolonii, gdzie podjął na nowo edukację i studia filozoficzne.

W 1623r., w celu kontynuowania studiów humanistycznych, został przeniesiony do Koblenz. Nauczał tam w Szkole Jezuickiej języka greckiego.
Porzucając pozę mierności pozwolił ujawnić się swoim prawdziwym zdolnościom intelektualnym, lecz wkrótce ogólne zdziwienie przerodziło się w zawiść, wobec czego powrócił do koledżu w Heiligenstad, miasta, w którym nauczał jego ojciec. Podróż była niebezpieczna, ponieważ prowadziła przez terytorium protestantów, jednak Kircher zdecydowanie odrzucił możliwość zamaskowania się świeckim ubiorem, mówiąc: Wolałbym zginąć z rąk rabusiów niż spokojnie podróżować w ziemskich szatach... Wieść ta dotarła do ugrupowania protestanckich żołnierzy, wobec czego zorganizowali na niego zasadzkę. Zdarli z niego ubranie i bili. W czasie, gdy przygotowywali szubienicę na najbliższym drzewie, Kircher uznał, że zostało mu jedynie powierzyć duszę Bogu. Jego spokojne zachowanie tak bardzo poruszyło jednego z żołnierzy, że zaczął otwarcie rozmawiać z młodym kapłanem, po czym namówił swoich towarzyszy, by oszczędzili jego życie. Nie tylko puścili go wolno wraz z jego ubraniem i zapewnili nietykalność, ale jeszcze ów życzliwy żołnierz oddał mu pieniądze i ponaglał do natychmiastowej ucieczki. Kircher dotarł bez przygód do Heiligenstadt i zaczął tam nauczać matematyki, języka hebrajskiego i syryjskiego.

Mając trzydzieści trzy lata zwrócił na siebie uwagę przełożonych. Kiedy w koledżu przygotowywano się do wizyty arcybiskupa-elektora z Mainz, Kircher, który uwielbiał mechaniczne wynalazki, zorganizował zadziwiający pokaz poruszającej się scenerii i fajerwerków. Wywołało to tak głębokie wrażenie, że zaczęto szeptać o czarnej magii, dopóki nie wyjaśnił na czym polegała jego praca.
Elektor wezwał Jezuitów na dziedziniec w Aschaffenburgu i zwolnił ich ze studenckiej obietnicy, zachęcając ich, by robili więcej tak ciekawych przedsięwzięć oraz wsławili Księstwo w tego typu badaniach. Kircher rozwinął owe badania w przeciągu trzech miesięcy. Poszedł w kierunku prac nad fenomenami magnetyzmu, na temat których wydał swoją pierwszą książkę Sztuka Magnetyzmu (1631).
Gdy zmarł elektor, Kircher powrócił do swojego Koledżu w Mainz, gdzie przebywał przez następne cztery lata.

Oprócz studiów teologicznych zajął się w 1625r. opanowaniem umiejętności posługiwania się teleskopem, przez który obserwował nieznane zjawiska plam na Słońcu.
W 1628r. został wyświęcony na księdza i założył swoje stowarzyszenie zakonne w Speier. Aż do tego momentu uważał siebie za naukowca. Zupełnie nowy świat wiedzy humanistycznej otworzył się przed nim, gdy po raz pierwszy zobaczył w książce Obelisk z Sistine zapis hieroglifów egipskich. Zasiało to w nim ziarno, które pewnego dnia rozkwitło jako Oedipus Aegyptiacus. Ponieważ Kircher ponownie wyruszył w drogę, tym razem, by nauczać w Wü rzburgu, zamierzone dzieło musiało przez pewien czas pozostawać w uśpieniu. Niewątpliwie pokrzyżowało to jego plany, wobec czego w 1630r. złożył petycję do Generała Zakonu, by pozwolił mu wyjechać do Chin w roli misjonarza. Jego prośba została odrzucona i w ostateczności musiał zadowolić się materiałami zebranymi przez innych misjonarzy.
Nowe, silne wrażenia nie były znowu tak odległe, gdyż w 1631r. do regionu wkroczyła armia szwedzka.

Pewnej nocy Kircher wyglądał przez okno i miał wizję: zobaczył żołnierza kopiącego dół na dziedzińcu. Stwierdził, że była to zapewne halucynacja, gdyż nikt więcej niczego nie widział i nikt nie podejrzewał niczego złego. Niespodziewanie koledż został zaatakowany przez Adolpha Gustava wraz z grupą protestantów. Kircher razem ze swym uczniem Casparem Schottem musiał uciekać do Mainz, pozostawiając wszystkie swoje rękopisy.
W tych trudnych czasach było oczywistym, że nie ma przyszłości dla rozwoju szkolnictwa Jezuitów. Przełożeni Kirchera pozwolili mu, przypuszczalnie w tym samym roku, udać się do Francji. Jego droga wiodła przez Lyon. Ostatecznie zatrzymał się w Avinion, aby tam nauczać matematyki, filozofii i języków orientalnych.

Kircher zawsze miał skłonność do wypadków. Wiele razy był o krok od śmierci, do czego prowadziła wrodzona ciekawość, która jednocześnie zmuszała go do badań naukowych.
W Avinion zaczął kontaktować się z kosmopolitycznym światem nauki dzięki Nicolausowi Claude Fabri de Peiresc, zamożnemu patronowi szkolnictwa, który słyszał o lingwistycznych osiągnięciach Kirchera i jego zainteresowaniach egipskimi hieroglifami. Peiresc zaprosił go do swojej posiadłości, aby pomógł mu w odszyfrowaniu pewnych egipskich rękopisów. Dostarczył mu książki i kopię tablicy Isis z Bembine, a Kircher pożyczył kilka rzadko spotykanych książek z biblioteki jezuickiej w Speier. Jego wielostronne badania ruszyły na dobre w 1633r. i właśnie wtedy Kircher otrzymał, niemile przez niego widziane choć nobilitujące go wezwanie do Wiednia. Dostał je od Johanna Keplera, który protegował go na nadwornego matematyka na dworze Habsburgów. W czasie gdy Kircher posłusznie szykował się do drogi, Peiresc pisał list protestacyjny do ówczesnych autorytetów włącznie z papieżem Urbanem VIII i kardynałem Barberini.
Ponieważ Niemcy wciąż były dla jezuitów niebezpieczne, Kircher wybrał drogę prowadzącą przez północne Włochy. Wsiadł na statek wraz z kilkoma innymi braćmi, aby przebyć pierwszą część drogi, która prowadziła z Avinion do Marsylii. Wszyscy rozchorowali się, wobec czego kapitan wysadził ich na wyspie i popłynął dalej wraz z całym ich ekwipunkiem, a porzuconych jezuitów zabrał stamtąd pewien rybak, z którym przebyli resztę drogi do Marsylii. Do Genui wyruszyli na statku, który prezentował się lepiej niż poprzedni. Podczas drogi rozszalał się sztorm i przez trzy dni wszyscy musieli szukać schronienia w jaskini aż do momentu uciszenia się burzy. Zaledwie wyruszyli, ponownie dopadła ich potężna burza pchając statek w kierunku wybrzeża. Kapitan, wprowadzając okręt do wąskiej zatoczki, ledwo uniknął rozbicia.
Kiedy Kircher w końcu dotarł do Genui, został tam przez dwa tygodnie. Najwidoczniej nie spieszył się zbytnio do Wiednia, gdyż wsiadł na następny statek płynący do Leghorn, położonego dziewięćdziesiąt mil na południe. Jego obecność na statku wydawała mu się wystarczającym wytłumaczeniem pojawiających się sztormów. Okręt dopłynął do Korsyki i powrócił, aby zatrzymać się ostatecznie w Civitavecchia, głównym porcie Rzymu. Było jasnym, że Kircher nie straci szansy obejrzenia starożytnego miasta, tak więc wyruszył w czterdziestomilową drogę pieszo. Docierając do Rzymu w 1635r. stwierdził ku swemu zdumieniu coś, co przeczuwał, że prośba Preisca odniosła skutek i jego obowiązki zostały zmienione. Pozostał w rzymskim koledżu i wraz ze specjalną komisją do badań nad hieroglifami stał się osią Zakonu Jezuitów. Miejsce to stało się jego domem i było nim aż do śmierci. Miał tam wszystkie warunki, aby prowadzić badania i prace naukowe: wolny czas, asystentów i pieniądze.
W 1636r. Friedrich, landgraf Hesse-Darmstad, władca regionu, w którym mieszkał Kircher, głównie dzięki wysiłkom Kirchera, przeszedł na katolicyzm. Został przyjęty do kościoła podczas uroczystego obrzędu, który odbył się w Rzymie, zaś wkrótce potem został mianowany kardynałem. Był on zafascynowany Kirecherem i wyruszając w podróż do Włoch, wybrał go na swojego spowiednika i towarzysza podróży. Wyprawa prowadziła przez południową Sycylię i dotarła do Malty. Wszędzie tam Kircher napotykał sprzyjające warunki dla odkrywania nowych obszarów nauk naturalnych: zjawiska fata morgana, zoologii, wulkanizmu i wielu innych.

Kircher koniecznie chciał zobaczyć Syrakuzy, by sprawdzić, czy Archimedes rzeczywiście mógł spalić rzymski statek dzięki skupieniu promieni słonecznych w lustrze (por. rysunek).

rys. zapalające lustro Archimedesa

W 214-12r.p.n.e. Marcellus oblegał Syrakusy. Obrońcy poprosili o pomoc sławnego budowniczego Archimedesa. Obmyślił on maszynerię zwaną szponami Archimedesa, która hakiem unosiła kadłub wrogiego rzymskiego okrętu ponad wodę, następnie obrońcy nagle zwalniali napięcie liny i statek gwałtownie spadał do wody.
Podanie głosi, że Archimedes za pomocą zmyślnie skonstruowanego lustra, skupiającego promienie słoneczne, spalił okręt rzymski. Descartes zdyskredytował tę opowieść twierdząc, że z tak znacznej odległości paraboliczne lustro nie może skupić dostatecznej ilości żaru.
Kircher odwiedził Syrakuzy i stwierdził, że okręt powinien był znajdować się nie dalej jak trzydzieści kroków od lądu. Negując zastosowanie parabolicznie i sferycznie ukształtowanego lustra podsunął myśl, że słynne lustro Archimedesa musiało być eliptyczne.
W kwietniu 1747 George Louis Leclerc de Buffon przeprowadził publiczny eksperyment w Tuileries używając 168 zwykłych płaskich luster. Zamontował je na różne sposoby, w następstwie czego zapalił drewno z odległości 150 kroków. Zapewne Archimedes mógł zrobić dokładnie to samo.

W marcu 1638r., gdy wyruszali w podróż powrotną, wybuchły wulkany Etna i Stromboli. Gdy wylądowali w Tropei doszło tam do trzęsienia ziemi i byli świadkami zniszczenia wyspy Św. Eufemii. Kiedy dotarli do Naples, Wezuwiusz także groził wybuchem. Nienasycony Kircher wspiął się na szczyt wulkanu i zszedł do krateru, aby móc prowadzić dokładne obserwacje procesów wulkanicznych.
Była to jego ostatnia wyprawa.
Od 1638r. podróże Kirchera były jedynie lokalne.

W koledżu rzymskim został mianowany profesorem matematyki i utrzymywał ten urząd przez osiem lat, po czym został całkowicie zwolniony od obowiązku nauczania.
Potem zaczął publikować swoje wielkie dzieło skoncentrowane na różnorakich tematach jego dociekań. Jego reputacja przyciągała uczonych. Docierały do niego listy, księgi i eksponaty z całego świata. Kircher zgromadził prawdziwe muzeum dzieł sztuki, ciekawostek, okazów naturalnej historii i aparatów naukowych.

Przed jego śmiercią został utworzony dom zwany Museo Kircheriano, który stanął w szranki z fundacją Eliasa Ashmolea w Oxfordzie jako jedno z pierwszych muzeum publikacji.

Pomimo powodzi, plag i społecznych niepokojów, które nękały Rzym, Kircher niestrudzenie pracował publikując kolejne książki jedną po drugiej, pisząc setki listów i zapisując rozmowy z niezliczoną liczbą odwiedzających. Pośród nich byli książęta, którzy chętnie zgadzali się, gdy proszono ich o podarunki z prywatnych kolekcji.
Najchętniej widzianymi gośćmi byli uczeni tacy, jak angielski jezuita i rojalista William Gascoignes (wynalazca okularu do teleskopu), artyści jak francuski malarz Nicolas Poussin, którego Kircher instruował co do perspektywy i Caspar Schott, uczeń Kirchera z czasów Wü rzburga oraz wydawca jego nie opublikowanych zapisków.

W miarę starzenia się Kircher coraz bardziej okazywał swoją pobożność. W 1661r. podczas poszukiwań śladów starożytności w Marino odkrył ruiny starego kościoła, w którego inskrypcji napisano, że został zbudowany przez cesarza Konstantyna w miejscu, gdzie św. Eustace miał wizję Chrystusa w rogach jelenia. Kircher zdecydował o restauracji i przywróceniu świetności kościoła jako miejsca pielgrzymek, a sława i koneksje Kirchera przyniosły obfite datki na rzecz tej pracy. Wraz z innymi jezuitami przyjmował pielgrzymki każdego roku 29 września w dzień św. Michała. Miejsce to stało się najbardziej uczęszczanym w owych czasach.
Prace wykopaliskowe oraz podróże zostały uwieńczone publikacją książki o starożytności łacińskiej.
W 1670r. prace Kirchera publikowane były głównie przez Schotta.

Streszczenia badań Kirchera dokonał Johann Stephan Kestler w Physiologia Kircheriana Experimentalis. Jest to zwięźle opracowany podręcznik, o którym ojciec Reilly powiedział, iż pokazuje, co dobry wydawca może i powinien zrobić z pozostałymi pracami Kirchera.

W ostatnich latach Kircher musiał znosić ataki alchemików oraz ludzi, którzy nie mogli ścierpieć autorytetu jezuitów. Cierpiał na dolegliwości wieku podeszłego.
Od 1678 zajmował się głównie ćwiczeniami duchowymi i zmarł 27 listopada 1680r. Jego ciało zostało złożone w Gesú , natomiast serce w kościele, który z takim oddaniem restaurował.